高校科研经费使用采取的是项目负责人审批、科研院和财务处共同负责管理监督的机制。
目前由于高校科研院与财务处管理制度不顺畅、分工不明确，两个部门之间缺乏有效的沟通手段和必要的共享平台，数据缺乏有效的组织，散落在科研管理部门或财务部门，难以加以有效的管理和利用，造成科研项目管理和财务经费管理脱节。
科研院负责组织项目申报、跟踪项目进展、组织结题验收等，工作侧重于争取项目的数量、经费和级别，忽视经费使用的合理性和效益性。财务处负责科研经费的财务管理和会计核算，工作侧重于经费的收入与支出核算，忽视科研资金的筹集、拨入、耗费等过程。
如何妥善处理高校改革发展中科研与财务的关系，保证科研项目管理与财务管理有机结合，促进高校科研工作高效有序进行，是值得深思的重大问题。